国家保密工作部门作为政府主管保密工作的职能部门，其一切管理行为都必须依法行政。2004年3月22日，国务院发布了《全面推进依法行政实施纲要》，纲要不仅确立了建设法治政府的目标，而且明确提出了今后十年全面推进依法行政的基本要求和主要任务，标志着“全面推进依法行政、建设法治政府”已成为新时期我国政府工作的基本任务和目标。为了适应这一时期的要求，各级保密工作部门必须积极推进保密法制建设，不断加强保密依法行政。
加强保密立法，提高制度建设的质量
完备的制度建设，是确保依法行政的前提和基础。应该说，自1988年《保密法》颁布和实施以来，我国已建立起了一套较完备的保密法规体系，基本上做到了“有法可依”。但现代法治不仅要求“有法可依”，更关键是所依之法还必须是“良法”，其基本标准，是一合法性；二是科学性。
第一，合法性的标准。这主要是要求保密立法必须符合法律保留和法律优先的原则。即凡属法律保留的事项、非经法律的明确授权，其他任何机关都不得加以规定；任何下位法的规定都必须与上位法的规定相一致，不得与上位法的规定相抵触。对于这两个原则，我国《立法法》、《行政许可法》和《行政处罚法》都作出具体的规定。其中，《行政处罚法》规定，对限制人身自由的行政处罚，只能由法律设定，法规、规章都无权设定；地方性法规只能设定除限制人身自由、吊销企业营业执照之外的其他行政处罚；规章只能设定警告或一定数量罚款这两种行政处罚；除以上四种规范性文件外，其他规范性文件不得设定行政处罚。就保密立法领域而言，作为法律的《保密法》没有创设行政处罚，作为行政法规的《保密法实施办法》第34条只创设了一种处罚，即“没收因泄露国家秘密所获取的非法收入”。而作为规章的《印刷、复印等行业复制国家秘密载体暂行管理办法》设定了两种处罚，即“责令停止复制活动”和“吊销《国家秘密载体复制许可证》”，应当予以取消，或上升为法律、行政法规。
《行政许可法》还专章规定了行政许可的设定范围和设定权限。在保密工作领域，《保密法》创设了国家秘密载体复制许可、出境许可证，还有一些资格、资质许可，这些都是符合《行政许可法》规定的。如果有关地方性法规、规章中设定了保密行政许可事项，则应当按照《行政许可法》的规定予以清理，该保留的事项应当上升为法规，不该保留的应当予以取消。
第二，科学性的标准。这是对立法技术的客观要求，它要求立法应当建立在对事物本质科学认识的基础上，符合科学发展的要求，遵循事物发展的客观规律，同时要求立法规范的语言文字、名称和章节条款的规范化、科学化，具有可操作性。只有这样才能从根本上提高制度的实施效果，确保依法行政所依之法的质量。在保密立法领域，这方面的问题很突出：一是立法滞后，不能及时反映新形势下保密工作的发展变化和内在客观规律。如《保密法》制定迄今快20年了，其中很多规定已经过时。其最典型的体现是这部法律基本上反映的是内部保密行政法律关系，如保密检查的对象只限于有关机关、单位的内部工作人员，其所设定的行政法律责任也只限于对内部工作人员的行政处分。这显然是很不全面的。《保密法》不仅要规范内部保密行政管理，更主要的是要规范保密工作部门对涉密的一般公民、法人和其他组织实施的外部保密行政管理，如对涉及一般公民、法人和其他组织的保密行政检查、行政处罚等都应当加以明确规定。二是立法含糊，许多规定很不明确具体，缺乏针对性和可操作性。如《保密法》等保密法律、法规中使用的“中央国家机关”，“有关机关、单位”、“检查”、“奖励”、“处分”、“没收”、“复议”等用语都十分含糊，使人无所适从，也容易导致执法中滥用职权。要克服这些问题，除修改《保密法》等现有的法律法规，使其内容更加明确、具体、可行之外，还应当针对保密工作中遇到的新情况、新问题，及时制定一些与保密法律相配套的、有针对性和操作性的新法规、规章，甚至一些规范性文件。

严格保密行政执法，确保法律法规的正确实施
保密行政执法作为我国行政执法体系的重要组成部分，其目的在于将有关国家保密方面的法律、法规、规章及其他规范性文件付诸实施，使其在各项保密工作中得以全面、准确地执行和实现。严格执法是依法行政的直接体现和中心环节。当前，保密行政执法必须严格把握执法主体、执法依据和执法手段这三个方面的法定要素，做到主体合格，依据正确和手段合法。
第一、关于执法主体资格。目前，在我国，具有保密行政执法主体资格的机关主要有两类，一类是专管性的保密行政执法机关，即各级保密工作部门，另一类就是兼管性的保密行政执法机关，即各级政府兼管本行业、本系统保密工作的各级业务主管部门。在执法主体资格上要把握三点：一是职权法定。必须在法定的职权范围内实施保密行政执法行为。任何超越执法权限的执法行为都是无效的。二是授权执法和委托执法的问题。在我国许多行政执法领域中都存在着授权执法和委托执法的问题。对此，《行政处罚法》和《行政许可法》也都有明确的规定。目前，尽管在我国保密行政执法领域基本上还没有严格意义上的授权执法和委托执法，但随着社会的发展，根据保密行政事务的需要，保密法律、法规有可能将一些保密执法权授予某些社会组织，或者规定保密行政执法机关可以将一些保密执法权委托给某些社会组织，尤其是涉及国家秘密的单位。那么，这些社会组织就能够取得授权执法或委托执法的资格。但授权执法和委托执法都必须有严格的法律依据，非经法定的授权或委托则无法主体资格，无权实施保密行政执法行为。三是行政执法人员的资格问题。保密行政执法人员只能以保密行政执法主体的名义实施保密行政执法行为；同时保密行政执法人员必须是合法取得执法人员身份的人员，不具备合法身份的人员不能代表保密行政执法主体实施保密行政执法行为，所实施的保密行政执法行为也是非法的。因此，在执法中还应当实行行政执法人员资格制度，没有取得执法资格的不得从事行政执法工作。
第二、关于执法依据。保密行政执法内容的合法性取决于执法依据的有效性。只有正确适用执法依据，才能确保执法行为的合法有效成立。目前保密行政执法的依据主要有两大类，一类是法律、法规和规章，既包括有关保密工作方面的专门法律、法规和规章，如《保密法》、《保密法实施办法》，也包括普遍适用于所有行政执法领域的一般法律、法规和规章，如《行政处罚法》、《行政许可法》等；第二类是有关保障工作方面的行政规范性文件。这类文件很多，各级各类行政机关都可以制定发布，从本质上不属于“法”的范畴，但也具有普遍的法律约束力，且往往起到具体指导行政执法实践的作用。因此，也应把它作为保密行政执法的依据。但是保密行政规范性文件作为保密行政执法的依据应注意如下两点：一是不得与相关的保密法律、法规和规章相抵触。二是只有在无相关的保密法律、法规和规章的规定或规定得“弹性过大”而作为它们的补充和细化时，才能被援用作为保密行政执法的依据；如果相关的保密法律、法规和规章已有明确规定，则应直接引用保密法律、法规和规章作为执法依据。从这个意义上讲，保密行政规范性文件并非是保密行政执法的直接依据，而只能成为保密行政执法的间接依据，即只有在符合上述两个条件的情况下才能作为保密行政执法的依据。此外，正确适用执法依据，还必须注意把握执法依据的适用规则。也就是说，在保密行政执法依据发生冲突的情况下，必须根据一定的规则，如就高不就低的规则，新法优于旧法的规则、呈请有权机关决定的规则等，以选择适用正确的执法依据。
第三、关于执法手段。保密行政执法的实施必然要借助于各种各样的具体形式和方法表现出来。保密行政执法手段即这些形式和方法的总称。这些形式和方法经过学理上的定型和模式化而称为行政检查、行政许可、行政确认、行政处罚、行政强制等等。随着保密法制建设的不断发展，在保密工作领域，除了采用传统行政管理、政治思想教育等手段外，更多的法律手段如行政检查、行政许可、行政确认、行政处罚、行政强制等基本的行政执法手段被引入保密管理领域。这应当是推进保密工作依法行政的很大进步。目前需要进一步重视的是如何合法采用这些执法手段，特别是严格行政执法程序的问题。行政程序是行政机关正确行使权力的保障。目前行政执法中普遍存在忽视程序的现象，这是滥用职权和执法犯法的一个重要原因。目前，我国行政程序制度正在逐步建立和完善，如《行政处罚法》、《行政许可法》对行政处罚、行政许可的实施程序都作出了详细规定。这些规定同样是我们实施保密行政执法的依据。各级保密工作部门及其工作人员都要养成按法定程序办事的习惯，特别要遵守一些基本的行政程序制度，如表明身份制度、行政公开制度、行政听证制度、告知制度、回避制度、时效制度等。